菌种保藏有多种方法，其原理大多大同小异，主要是运用一些方式尽量降低生物体内的代谢，达到延长生命，减少变异的目的。通常采用的方法为低温、缺氧、干燥。
低温主要对菌种产生两方面的影响，首先，较低的温度可以减缓机体细胞的酶活，降低---，达到保藏菌种的目的。其次，低温同时会导致菌体诱发菌丝自溶机制，如果降温过程失误，同样会造成机体的机械损伤和溶质损伤。
微生物具有容易变异的特性，因此，在保藏过程中，必须使微生物的代谢处于不活跃或相对静止的状态，才能在一定的时间内使其不发生变异而又保持生活能力。
低温、干燥和隔绝空气是使微生物代谢能力降低的重要因素，所以，菌种保藏方法虽多，但都是根据这三个因素而设计的。
石蜡油封存法，在斜面菌种培养物上，低温生物菌种报价，倒上灭菌后的石蜡油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低温干燥处保存，此法不适用于能利用石蜡油作碳源的微生物，保存期为一年以上。
耐低温菌种的中试设备，冰下水温适用于3.5度（保持在5度左右），cod、氮和磷的去除率依然非常高，经连续取样检测，污水中的cod、总磷和氨氮的降解率分别达 67%、56%和70%.中试非常成功。经中试验证：耐低温菌种，在水温3.5度时，微生物活性依旧非常高，各项指标去除率都达到50%以上，是中温微生物---的。
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