菌的：保藏的菌种应培养在营养丰富的条件下，使之进入稳定期，稍老一些的菌体对环境抵抗力强。另处，作为冷冻干燥的菌悬液细胞浓度要高不同的菌对冷冻干燥的耐受程度不同，如果保存的菌液细胞浓度不高，就会使以后传种造成困难，保存期也会受到影响。
保护剂：不同种类的保护剂对不同微生物的作用是不同的，如个别菌种在脱脂乳作保护剂的情况下失败率---99.99%，而采用葡聚糖等混和保护剂时失败率---减少。一般情况下，那些容易保存的菌种对保护剂的要求不很严格，而不易保存的菌种对保护剂的要求却很苛刻。因此，选择好的保护剂是冷冻干燥保存菌种的关键因素。
干燥速度：实验表明，慢速干燥比快速干燥存活率高，如青霉菌6h干燥存活率为67.3%，而3h为59%。
空气的影响：冷冻干燥后空气对---细胞影响较大，可导致细胞损伤进而失败，故在冻干后应立即在真空下融封，才有利于长期保存。
温度的影响：在干燥和真空状况下温度的影响远没有上述几项因素重要，因此可以在室温下保存，但许多微生物在4℃保存的存活率要比在室温下高1倍。
含水量的影响：水分含量过高对菌存活不利，完全脱水也不利于保存，一般把干燥后的细胞含水量控制在3%以下(1%-3%)
1、传代培养保藏法：包括又有斜面培养、穿刺培养、疱肉培养基培养等，培养后于4-6℃冰箱内保存。
2、液体石蜡覆盖保藏法：液体石蜡覆盖保藏法是传代培养的变相方法，能够适当延长保藏时间。
3、载体保藏法：载体保藏法是将微生物吸附在适当的载体，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，而后进行干燥的保藏法。
4、寄主保藏法：寄主保藏法用于目前尚不能在人工培养基上生长的微生物。
5、冷冻干燥保藏法：先使微生物在极低温度（-70℃左右）下快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分（真空干燥），其中真空冷冻干燥法常见。
将需要保藏的菌种，接种在适宜的斜面培养基上，低温生物菌种，菌丝长满斜面时，用---纸包扎棉塞或者硅胶塞，放置在4℃的冰箱中保藏，叫做斜面（菌种）低温保藏法。由于微生物的---活动未停止，低温生物菌种报价，试管内培养基易失水变干。因此，保藏时间较短，不适于长期保藏。每隔3～6个月应转管一次。草菇菌种不耐低温，低温生物菌种，需保藏在10～12℃之间。或在草菇菌落上灌注3～4毫升的防冻剂（10%的甘油）。当菌丝长满斜面后，在无菌条件下，用无菌橡皮塞代替棉塞，低温生物菌种价格，并用石蜡密封，即可在室温或冰箱中保藏。这种方法可防止杂菌污染，隔绝氧气，避免培养基干燥，使用方便。据测定，保藏3年的菌种生活力仍很旺盛。
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